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* 通讯作者:Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性,我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析,涵盖 11 个靶标系统,并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。
4、美媒:勇士欲交易老虎王牌斯库巴尔,联手塞尔组顶级左投双核
这一策略将离散的标签空间转化为连续的语义流形,有效缓解了对比学习中将语义相近的描述错误推远的「假阴性」问题。
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摄影 杨涛 陈岳叔叔是知名少儿节目《陈岳叔叔讲故事》的主持人,他在很多场合鼓励大家,要与古典诗词相伴同行。
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党鑫蕊(右一)工作照 7月16日上午赶到贵港的党庆 见了孩子最后一面 党鑫蕊的四叔党成眼圈发红地说 孩子平时就踏实老实 工作后勤勤恳恳 无论是在人生的轨道上 还是在抗洪的山路上 党鑫蕊都一直做着同一件事 背负责任,温暖他人 他没来得及走出那座山 却走进了无数人的心里 新民晚报(xmwb1929)综合长安街知事 、中国新闻网、广西日报、广西新闻网、新华每日电讯 编辑:沈佳灵 编审:陈莉读者来信平南路672号是一家门窗店 “最近,我在家里的信箱中收到一张‘上海百姓家电维修服务中心’发放的维修优惠卡,里面的家用电器维修项目十分齐全,并且承诺‘不维修不收费’等多项便民措施。前澳洲队长芬奇:英格兰处理斯、麦二人离任是场马戏,澳洲人在偷笑这将支持我的一个猜想:信息是物理学中最基本的单位,比物质和能量更为根本,是理解宇宙真实本质的最佳途径。
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而当值主裁也因此向帕雷德斯出示了红牌,虽然当时决赛已经结束,但帕雷德斯将在后续的国家队比赛中为此付出代价。
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李建中在采访中动情地评价道:“千百年来,老百姓深信二仙主动深入民间,主动为弱者出头,完美契合普通民众期盼公道、期盼有人排忧解难的朴素追求。我要发布>>
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过去数学家一次研究一个问题,「有了这些工具,你可以一次解决成千上万的问题,并开始进行统计研究,我们将不得不进行许多范式上的变革、文化上的变革」,陶哲轩说道。我要发布>>
基因扰动和细胞因子刺激代表了两类底层机制截然不同的生物学干预,而 Lingshu-Cell 在这两类任务上都取得了领先,有力证明了这一统一框架不仅能够精确建模细胞状态分布,更能够进一步模拟不同类型干预所引发的复杂细胞变化。我要发布>>
更重要的是,它能够识别出那些在训练时尚未被发现、后来才被报道的新防御系统——在后续增加的 110 个系统中,75% 被 GeneCLRDF 正确预测。我要发布>>
记者又向南涧县人民医院询问伤者情况,工作人员表示:“以官方通报为准。我要发布>>
(封面新闻记者马晓玉 陈光旭)7月22日,2026天府科学家创新发展大会暨成都科产融合对接活动在成都启幕。我要发布>>